因为磁共振检查的环境就处于一个很强的磁场中，所以它禁忌症相对来说也比较多，一是身体上有铁质或金属物质的东西，不能做磁共振检查，例如做过冠脉支架的病人，例如做过血管瘤做支架的病人，还有一些冠麦换瓣手术的病人等，这样身体有支架的病人，有金属材质的病人，要慎重的检查。首先在磁场中，这些金属物质可能会失去它的功能，另外金属物质在磁场中，有可能产热，对人体有一些损伤。另外磁共振检查处的环境中 ，一般的磁共振就是孔径是比较小的，有一些幽闭恐惧症的病人也不能做检查，近期的话会有一些不适，有癫痫或者一些神经系统疾病也要慎重。还有一点，怀孕早期的病人不稳定的时候，检查磁共振也要慎重。
核磁共振的绝对禁忌症主要是安装心脏起搏器的患者。第二、人工瓣膜置换术后的患者。第三、体内有铁磁性血管牙者；第四、眼球内有金属异物者。第五、高热惊厥的患者，相对的禁忌症一般是：第一、被检查部位或者附近含有铁磁性物品；第二、体内有治疗泵者；第三 、有宫内节育器者，不能做盆腔检查的。
因为磁共振检查的环境就处于一个很强的磁场中，所以它禁忌症相对来说也比较多，一是身体上有铁质或金属物质的东西，不能做磁共振检查，例如做过冠脉支架的病人，例如做过血管瘤做支架的病人，还有一些冠麦换瓣手术的病人等，这样身体有支架的病人，有金属材质的病人，要慎重的检查。首先在磁场中，这些金属物质可能会失去它的功能，另外金属物质在磁场中，有可能产热，对人体有一些损伤。另外磁共振检查处的环境中 ，一般的磁共振就是孔径是比较小的，有一些幽闭恐惧症的病人也不能做检查，近期的话会有一些不适，有癫痫或者一些神经系统疾病也要慎重。还有一点，怀孕早期的病人不稳定的时候，检查磁共振也要慎重。
绝对禁忌症，一、身体内装有心脏起搏器，基础支架及神经刺激器者严谨扫描，并避免进入扫描机房内。二、体内存有动脉夹 ，眼球内金属异物者禁止扫描，三、高烧患者，四、有恐惧症患者，五、妊辰不足三个月的相对紧急症。如体内的金属异物，假牙，避孕环，金属植入物，术夹，金属夹等位于扫描范围内应谨慎扫描，以防止金属异物运动或产热造成的客户损伤，金属物也可产生微影，而妨碍诊断，如扫描其他部位，也应注意有无不实感。二、昏迷，神志不清，精神异常，易发癫痫或心脏造形者，严重外伤 ，患幽闭症患者，幼儿极不配合的，客观应谨慎扫描，要在医生或家属监督下进行。三 、孕妇及婴儿应征得医生同意再进行扫描。
核磁共振主要是靠氢原子核成像，对梗死区水肿的改变比较敏感，因此可以较早地发现脑梗死的病症，一般在发病后1到2小时做核磁共振就可以显示信号较强的病变特征，核磁共振不但能从横断面，还可以从矢状面、冠状病上显示病变，对直径在2个毫米以下的病灶就可以显示核磁共振，对检查后颅窝的脑梗死具有重要的意义，因为后颅窝骨质产生的伪影比较明显，做CT的时候可以掩盖病灶，做核磁共振就可以明显的显示病灶。
核磁共振检查的适应症主要是中枢神经系统病变，包括各类的脑肿瘤、脑血管疾病、颅内感染、脑白质病变、脑发育畸形、颅脑外伤、头颈和五官的病变，包括眼耳鼻喉等部位的先天性病变、占位性病变、炎症 外伤和颞颌关节病变等，脊柱病变包括脊柱发育畸形、脊柱外伤、占位性病变、感染性病变、弥漫性病变和椎间盘退变等，腹部的病变包括肝、胆、脾、胰、肾、肾上腺等脏器的占位病变，炎症、外伤及先天性病变等，MRCP对胆囊及胆道系统的诊断有很大的价值，MRU也就是说就是胆道成像，就是泌尿系统成像和胆管成像，这两样成像都可以直接的显示胆道和尿路系统的详细情况，对输尿管狭窄、梗阻，对于胆道系统的狭窄、结石都会有重要的诊断价值，还有磁共振波谱分析、弥散及加权成像、还有张量成像等都是核磁共振的检查方法。
胎儿核磁共振检查的准确率高吗？从20世纪60年代，胎儿超声问世以来，产前超声检查以其无创、实时成像和检查费用低的优点成为重要的产前胎儿畸形的筛查手段。其普及率及单次妊娠检查次数均呈逐年增加趋势，产前超声检查对胎儿的某些系统疾病并不敏感存在骨的伪影。并且容易受到孕妇的体内脂肪的厚度，羊水过少及胎动的影响。胎儿磁共振检查具有较高的安全性和软组织分辨率，当产前超声检查对胎儿疾病无法确切诊断时，胎儿磁共振检查可以提供更多有关胎儿异常的诊断信息。而这些信息可以为胎儿疾病的诊断治疗和分娩方式的选择，提供很好的依据。尤其在胎儿神经系统方面，胎儿磁共振检查可以叫产前超声检查提供更多有效的胎儿信息。研究结果显示与产前超声诊断相比，胎儿核磁共振检查可以更好地评估胎儿颅脑、脊髓、及脊柱周围远处的异常，泌尿生殖系统的发育畸形为胎儿宫内手术、分娩方式及分娩时机的选择，提供参考依据。
