导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。1、肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。2、还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。3、喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。1、肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。2、还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。3、喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
引起肛瘘最主要的是感染，肛门的感染的部位大多数在肛门皮肤与直肠交界的地方，这地方是一个薄弱区，有一些倒置的漏斗状的东西，如果说出现大便的异常这些脏东西藏到里面了，那么会很快的感染，感染以后几天的时间就发展到大量的脓液那么这些脓液在肛门口，皮肤破溃以后就会出现肛瘘。
肛瘘是发生在肛门直肠周围的化脓性的疾病，肛瘘它是这个肛周脓肿以后形成的一个病理改变，也就是说肛门直肠周围的化脓性的改变有两类：一类叫急性化脓性改变；一类叫慢性化脓性的改变。急性化脓性的改变我们把他称为肛周脓肿，肛周脓肿溃破以后或者是做了手术把脓引流出来以后，那么局部的感染就会减轻，那么它就会由一个急性的化脓性的感染转换成一个慢性的化脓性的感染的过程，那么这个慢性化脓性感染的阶段我们就把他称为肛瘘。为什么叫肛瘘是因为这个肛瘘他有三部分组成：一部分是一个原发的内口，就是它原发感染灶形成的内口，还有一个继发的外口就是由于溃破或者做手术那个向外排脓的那个口我们把称为外口，在内口和外口之间有一个管道，那么这个就是肛瘘它的一个结构 。所以说肛瘘的形成的原因就是肛周脓肿然后演变成肛瘘，那么肛瘘和肛周脓肿它共同的原因就是在肛门内肛隐窝发生感染形成的化脓，所以说肛瘘和肛周脓肿都是属于一类的疾病，都是由于肛隐窝肛腺的感染化脓而形成的化脓性的疾病。
肛瘘的原因主要还是由于肛门周围的脓肿，在脓液形成以后发生了自行的溃破，或者是进行了人为的切开排脓，没有进行根治性手术治疗的，一般就会形成肛瘘的情况。 在早期的时候，一般都是由于反复的腹泻、大便的干燥，或者是生活作息时间不规律导致了肛瘘发炎，肛瘘的炎症没有得到及时治疗的，可以顺着肛门周围的间隙以及淋巴的循环，导致肛管直肠间隙的组织发生坏死液化，进而有脓液的形成，在溃破之后就会形成肛瘘。肛瘘主要就是引起肛门局部的红肿疼痛，还可能会导致肛门周围湿疹的发生，主要的治疗方法就是通过手术进行治疗。
（1）内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确或没有把感染的原发灶即内口彻底清除；（2）肛门腺处理不当：肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此要切干净内口以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管；（3）瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管可导致复发；（4）内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时寻找内口不完全导致复发。另外一些患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿导致新的肛瘘；（5）术后换药不到位，创口过早粘合形成假愈合；（6）合并全身性疾病，如糖尿病性肛瘘，这类患者的肛瘘除局部处理治疗外，必须进行降糖治疗，只有这样才可能取得良好的治疗效果。
一般肛瘘的发生都是由于肛门直肠周围脓肿或者是有感染后自己溃破了，或者由医生做了引流以后捅开一个口慢慢愈合了以后，里边会形成一个窦道，那么肛门周围的皮肤跟肛门连通起来，这个情况就叫肛瘘。还有就是一些其他的因素，比如说产伤，生孩子的时候肛门周围扩约肌撕裂了也可以引起皮肤跟肛门的连通，还有医生治疗痔疮的时候或者说做其他治疗的时候，也有可能造成这种医源性的损伤引起肛瘘。
