这两种疾病它非常的相似，都会出现口腔的疱疹甚至是溃疡，有些会引起发热、流痫。手足口病它的出疹部位，除了口腔在孩子的手部、脚上以及孩子的臀部常常也能找到小的疱疹，但是疱疹性咽峡炎它的症状都是很轻微的，而手足口病它极少数严重的病儿可能会并发脑炎，肺水肿以及呼吸衰竭等严重的疾病，两种病都可能由于肠道病毒感染引起，但是一般重型的手足口病都是由ev71感染引起来的。所以建议家长给孩子，尤其是两岁以内容易感染手足口病的孩子，接种手足口病ev71疫苗，这样可以极大地减少重型手足口病的感染率。
这两种疾病它非常的相似，都会出现口腔的疱疹甚至是溃疡，有些会引起发热、流痫。手足口病它的出疹部位，除了口腔在孩子的手部、脚上以及孩子的臀部常常也能找到小的疱疹，但是疱疹性咽峡炎它的症状都是很轻微的，而手足口病它极少数严重的病儿可能会并发脑炎，肺水肿以及呼吸衰竭等严重的疾病，两种病都可能由于肠道病毒感染引起，但是一般重型的手足口病都是由ev71感染引起来的。所以建议家长给孩子，尤其是两岁以内容易感染手足口病的孩子，接种手足口病ev71疫苗，这样可以极大地减少重型手足口病的感染率。
疱疹性咽峡炎和手足口病的鉴别，这两个疾病都有口腔的疱疹，但是两个疾病对孩子的影响是不一样的，需要鉴别这两个疾病，第一鉴别要点，就是疱疹的位置不一样，疱疹性咽峡炎的疱疹主要是在咽峡部，而手足口病的疱疹主要是在口腔，当然也包括咽峡口腔的粘膜，手心足心臀部就是疱疹的位置；第二发展不一样，对孩子的影响不一样，疱疹性咽峡炎大多是局限并存，一般3到5天体温恢复正常，疱疹治愈对孩子不会有大的影响。而手足口病除了发烧，口腔的疱疹它往往可以加重，引起孩子的精神不好，四肢抖动，头痛呕吐，发剧烈的高烧，剧烈的咳嗽，甚至引起孩子昏迷抽搐；第三就是治疗不一样，手足口病的治疗也要分轻型或者是重型，重型一般建议住院治疗，轻型在家治疗，而单纯的疱疹性咽峡炎大多采用口服药物治疗，多数以后是比较好的。
疱疹性咽峡炎和手足口病的不同有：第一、从病原体上来看，疱疹性咽峡炎是柯萨奇病毒A组感染引起的，手足口病是柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型两个病毒感染引起的；第二、从临床上看，疱疹性咽峡炎只出现在咽腔，很少有并发症，手足口病除了口腔里头有疱疹以外，还会出现在手、足、臀部、大关节附近，手足口病会引起心肌炎、脑炎、脑水肿、肺水肿甚至肺出血，严重的会引起死亡。
疱疹性咽峽炎和手足口病都是学龄前儿童的高发性疾病。它们共同点都是由于病毒引起来的，疱疹性咽峽炎主要是由柯萨奇病毒造成的，肠道病毒主要引起手足口病的问题。一般疱疹性咽峽炎仅局限于颚舌弓、颚咽弓、扁桃体这些方面，很少累及到口腔外的地方，但手足口病侵犯的地方相对较多，一般主要区别也就是两点，疱疹性咽峽炎仅限于口腔内，手足口病除了口腔内可见到疱疹，还有四肢 手足臀，甚至四肢的前臂、胫骨外侧都可以看到疱疹。
手足口病和疱疹是有很大的区别的。首先病因是不一样的，手足口病的病因是肠道病毒感染或者是柯萨奇病毒感染，而疱疹的病因是疱疹病毒，手足口病的一些临床特征和疱疹也不一样，手足口病有着比较明显的一些典型的特征，表现为手足、口腔、臀部等这些部位散在的皮疹或者是疱疹。疱疹病毒分布可能没有明显的规律，如果是带状疱疹通常分布在一侧，手足口病主要是发生在小孩身上，主要是发生在免疫力低下的患者身上。
手足口病手上的一些疱疹，不用太介意，这是手足口病表现的一个方面，会随着疾病的好转消散。 手足口病它的表现主要是普通病例和重症病例。普通病例表现为有发热、呼吸道感染的一些非特异性的症状，在手、足、口、臀部，可见散发的皮疹和疱疹。口腔内位于舌、颊粘膜和硬腭的处处，可以有疱疹，而且最后会发生溃疡。 手上的疱疹大多数是在手心的部位，脚心也会有类似这样的疱疹，不需要去挑破，也不要涂抹。随着疾病的好转，一周左右，这些皮疹完全就可以消退，而且不留任何痕迹。
