扁平疣是感染性疾病，周期很长，因为人乳头瘤病毒可以定置在人体的角质性细胞内持续的增殖繁殖，所以，通常给患者治疗时间以一月为疗程周期，如果治疗得当，两个月左右皮损会有所变小。但对于顽固性皮损治疗到四个月甚至到半年左右的都很多见。如果长在四肢部位可以使用液氮冷冻。比较小的、孤立的扁平疣通过一到两次就可以完全剥离。
扁平疣是感染性疾病，周期很长，因为人乳头瘤病毒可以定置在人体的角质性细胞内持续的增殖繁殖，所以，通常给患者治疗时间以一月为疗程周期，如果治疗得当，两个月左右皮损会有所变小。但对于顽固性皮损治疗到四个月甚至到半年左右的都很多见。如果长在四肢部位可以使用液氮冷冻。比较小的、孤立的扁平疣通过一到两次就可以完全剥离。
喉癌放疗需要的时间或剂量主要涉及术前放疗或根治性放疗两个问题。 术前的放疗时间比较短，在10周左右，放射剂量是在40个GMY。手术放疗后的2-3周，还会去做手术治疗，所以放射的剂量不会特别大，如果剂量特别大会造成组织粘膜损伤较大，对手术造成一定的困难。 根治性放疗的目的是为了根治，治疗的剂量比较高，放射时间也比较长。放射的时间会维持到6-7周左右，而且总的放射剂量一般会达到60个GMY左右。
扁平疣都是拿火针去治疗，因为有些部位打激光，激光打深会留下瘢痕，局部色素会加深，但做火针，把针头用火烧之后，轻轻点一下它就能自行脱落，疗效还不错，大概两周之内就能彻底治好，不留一点痕迹。因为火针点的比较浅表，不至于到真皮层，把表皮稍微烫一下，是可耐受的。
扁平疣的治疗可以用有抗病毒的药、也可以外用药，如抗病毒的软膏，或者是水剂，口服的药物一般是西药片，如阿昔洛韦、泛昔洛韦。中医也有一些治疗方法，中医认为病毒感染需要清热解毒，所以一般会用清热解毒的中药汤剂煎服。注射的药物也会用于扁平疣的治疗，如板蓝根注射液。另外还有一些清热解毒的中药，如木贼、香附和马齿苋，煎水涂擦面部的扁平疣，或者是捣烂后敷在扁平疣上，都能有较好的疗效。
治疗扁平疣的药膏有酞丁安软膏、阿昔洛韦软膏等。最近有文章报道，治疗白癜风的补骨脂酊对扁平疣上也有一定的效果，这是它的外用药，能够抑制病毒的生长，使其慢慢可以变平乃至消退。所以这个药膏也是扁平疣的一种治疗方法，还有其他的方法，如激光烧灼，把病毒皮损烧掉，让它长出新的皮肤来；另外还有冷冻，把皮损冻伤，然后慢慢脱落掉。所以不光是药膏治疗，冷冻 、激光也是常用治疗的手段。
如何治疗扁平疣？扁平疣的治疗是比较困难的，一方面是增强人体的细胞免疫能力，根据病人的状况可以使用一些免疫增加剂，比如甘露聚糖肽和匹多莫德，严重的可以使用干扰素；另一方面是使用冷冻或激光进行局部治疗，可结合抗病毒素要素同时进行。
