子宫内膜异位症目前的原因尚未完全地阐明，主要有以下三方面的原因的可能：
第一是种植学说，多指的是经血逆流，使子宫内膜组织通过输卵管进入盆腔，导致子宫内膜异位症。
第二是体腔上皮化生学说，是指卵巢表面的上皮、盆腔腹膜具有一定的细胞分化特性，在受到某些情况的刺激之后，转化为子宫内膜样组织。
第三是诱导学说，未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，可发展为子宫内膜样组织。还发现子宫内膜异位症有一定的遗传因素、免疫和炎性因素，这些影响而导致发病率的增高。
子宫内膜异位症目前的原因尚未完全地阐明，主要有以下三方面的原因的可能： 第一是种植学说，多指的是经血逆流，使子宫内膜组织通过输卵管进入盆腔，导致子宫内膜异位症。 第二是体腔上皮化生学说，是指卵巢表面的上皮、盆腔腹膜具有一定的细胞分化特性，在受到某些情况的刺激之后，转化为子宫内膜样组织。 第三是诱导学说，未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，可发展为子宫内膜样组织。还发现子宫内膜异位症有一定的遗传因素、免疫和炎性因素，这些影响而导致发病率的增高。
子宫内膜异位症的病因不是很确切。但有几个是大家比较认可的，第一、是经血逆流导致的子宫内膜异位种植学说。第二、就是子宫内膜的异常的基因导致的发病，这部分病人在临床研究中都已经发现。第三、遗传性，就是家族里头出现过子宫内膜异位症的患者，那么他下一代中再次患有子宫内膜异位症的概率就会高很多。第四、子宫内膜异位症还跟性激素有关。
这个病的病因，现在没有全世界的机制。大概跟几种原因有关。第一就是经血逆流的学说，当血逆流通过子宫内膜的血斗，然后返流到子宫壁间或者卵巢、或者其他部位，子宫内膜的这些细胞，在那里安家落户进行增值，在每次来月经的时候，它都会也分泌月经血，这样处流子宫壁间或卵巢上又流出来，慢慢就积累成病灶，成了巧克力囊肿或者紫蓝色结节。还有一种说法，这种原因是一种免疫学说，种植学说等等这种说法。女性在经期，要放松休息，不要干剧烈的活动，引起子宫收缩的这些活动。再一个经期的性生活都要避免，在这方面会有很好的预防。
中医角度来说子宫内膜异位症就是一个瘀血的形成，所以只要能够引起瘀血产生的这些，都可能会引起这些原因，比如心情不好、气滞容易形成瘀血，还有比如体寒的，或者是容易吃一些冷的东西，那寒凝了以后也会使这个血走得慢，也会瘀血形成，有一些体热或者是肝火特别旺，热特别盛或者是吃辛辣东西，内热产生了，那么热使精液减少，也会使血液走到别的地方去，也变得有瘀血，还有些气虚的，本身气血比较亏虚，血液走得也会慢也会形成瘀血，还有肾虚、大病、久病之后也容易产生瘀血，子宫内膜异位症的发病率也会相对升高。
子宫内膜异位症的治疗，具体包括期待治疗、药物治疗、手术治疗以及手术联合药物进行治疗等。 子宫内膜异位症的治疗应该遵循个体化的原则，治疗的方法应该根据患者的年龄、具体症状、病变部位以及病变的范围，还有对生育要求等综合考虑。 对于症状比较轻的，没有明显症状的，可以考虑期待治疗，定期随访。如果引起轻微腹痛，可以给予一些止痛药物进行止痛治疗。子宫内膜异位症的药物治疗通常包括应用激素进行对症治疗，比如口服避孕药、孕激素、孕三烯酮等等。子宫内膜异位症的手术治疗，又含保留生育功能的手术，以及保留卵巢功能的手术和根治性的手术等等。所以，对于不同的病人，具有不同的治疗方式，具体需要考虑很多，建议到正规的医院进行规范化的治疗。
子宫内膜异位症是应该长在子宫内的内膜长到其它地方去。其它地方包括盆腔、腹腔、再比较多见的就是卵巢上面。长在不同的地方都会引起不同的症状，比方说有的还有阴道内子宫内膜异位症、盆腔内子宫内膜异位症有可能会引起患者性交痛。如果长到子宫肌层去患者会出现明显的痛经。如果长在卵巢上面的子宫内膜异位症的话就有可能引起我们的子宫上面长出囊肿，就是常说的卵巢的巧克力囊肿症状。所以子宫内膜异位症实际上是一个良性疾病的恶性表现，它会向全身四周播散。到目前来说它具体发病机制是不清楚的。
