巧克力囊肿复发首选手术治疗。
如果巧克力囊肿的直径大于等于4厘米合并不孕症、痛经，药物治疗无效者首选手术，手术则以腹腔镜手术为主，但手术后症状复发率较高，年复发率高达10%，手术后还需要使用辅助药物治疗并长期的管理，可以根据病情来选择一线或二线药物用于术后治疗，以减少卵巢巧克力囊肿和疼痛的复发，不建议术前药物治疗，一般在手术后遵医嘱可以口服孕三烯酮或短效避孕药等药物来预防复发。
巧克力囊肿术后还需要定期复查，如果无生育要求，年龄大于45岁，可考虑切除术。
巧克力囊肿复发首选手术治疗。 如果巧克力囊肿的直径大于等于4厘米合并不孕症、痛经，药物治疗无效者首选手术，手术则以腹腔镜手术为主，但手术后症状复发率较高，年复发率高达10%，手术后还需要使用辅助药物治疗并长期的管理，可以根据病情来选择一线或二线药物用于术后治疗，以减少卵巢巧克力囊肿和疼痛的复发，不建议术前药物治疗，一般在手术后遵医嘱可以口服孕三烯酮或短效避孕药等药物来预防复发。 巧克力囊肿术后还需要定期复查，如果无生育要求，年龄大于45岁，可考虑切除术。
巧克力囊肿出现疼痛的情况，主要是通过手术的方式进行治疗。 巧克力囊肿出现疼痛，多是由于囊肿破裂，囊液进入盆腹腔，出现了其他器官的种植转移或者刺激盆腔内的腹膜，继而导致的疼痛。反复的囊肿破裂，有可能导致盆腔内出现炎性改变，引起盆腔器官的粘连，继而会对女性的受孕造成影响。 手术主要是清除粘连以及囊肿，而达到缓解疼痛的目的。同时后续还要进行药物治疗，尽可能预防复发。40%的患者会在短期内出现复发的情况，所以巧克力囊肿的根治较为困难。
巧克力囊肿是指卵巢囊肿里面的陈旧血液，像粘稠的巧克力液一样，因此，叫做巧克力囊肿。 巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一个表现形式。子宫内膜异位症就是在宫腔内的子宫内膜每个月脱落一次，形成女性的月经。异位的子宫内膜就是当子宫内膜异位到卵巢内以后，也会像来月经一样，每个月出一次血，当它反复的周期性出血以后，血排不出去，就会在卵巢内形成囊肿。囊肿存在的时间长了，它的内部的血液就会变得陈旧，呈巧克力色，黑褐色，就会形成很粘稠的像巧克力样的东西。所以，就叫巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。 如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称巧克力囊肿。
腹腔镜做巧克力囊肿手术，首先得进行相应的麻醉，一般采取全麻。麻醉成功之后，妇产科的手术医生是在肚脐部位先做一个穿刺孔，让腹腔镜进去，同时建立气腹，建立气腹之后先在镜子下观察，确定腹腔内具体情况，再做三个穿刺孔。术者这边建立两个，助手那边要做一个穿刺孔，然后通过手术器械进行操作。 一般做巧克力囊肿手术都是有一定的盆腔粘连，所以需要分离粘连。而且在做完巧克力囊肿手术之后，还要观察有没有出血。此外，需要冲洗盆腔或者是腹腔，最后才能够排空气腹，缝合腹部的切口，手术是微创手术，恢复也是比较快的。
巧克力囊肿是个很形象的名称，因为囊肿里面含有巧克力一样的液体而得名，它的发病原因目前比较公认的是，子宫内膜异位学说，它指的是月经期子宫内膜沿着输卵管逆流到腹腔内，种植在卵巢的表面。卵巢因为有周期性的排卵，表面有破口，凹凸不平，非常适合子宫内膜的种植。不单单是种植，可怕的是它还有活性，这种活性使得在每次月经期都会慢慢长大，甚至时不时的出现小孔的破裂，使人腹痛难忍，另外还会引起周围组织的粘连。虽然是种良性病变，但是巧克力囊肿是有恶性行为的，应该引起重视，巧克力囊肿是临床上引起不怀孕的一个重要因素，需要手术治疗，并且在术后还是要用药物治疗来巩固预防它的复发。
