舌下腺囊肿术后可能会复发，但复发的概率并不高。
首先，手术需具有规范性，即对于舌下腺囊肿而言，一定要采取规范的手术治疗方式，通常是进行舌下腺及囊肿的完整摘除，如果出现舌下腺或舌下腺部分的残留，就会造成分泌液继续外排，使舌下腺囊肿复发。此外，术后要注意局部伤口的维护和保护，因为唾液除了舌下腺以外还有其他的分泌来源。如果不注意伤口的保护，术后的分泌液，包括血液，还可以渗透进入囊腔，在一定意义上也会造成囊肿的复发。
但只要进行规范的手术，术后仔细的保护伤口，维护囊腔来加强伤口的愈合，大多数的舌下腺囊肿在经过手术治疗以后都可以得到根治，复发率是很低的。
如果患者出现复发，一般还需要再次进行临床检查和手术，手术的要点仍然是彻底弄清楚舌下腺囊肿分泌液的来源，完整、彻底地去除舌下腺，以根治这种病变。
