如果患者没有其他疾病的话，再生障碍性贫血的病因往往和患者最近常接触的一些有害物质有关。这些常见物质主要可以分为化学品和病菌两类，分别是化学因素和感染因素。
化学因素化学毒物：如苯、有机砷、染发剂、有机溶剂、油漆、塑料、燃料；杀虫剂等；药物：如氯霉宏、磺胺药、保泰松、苯巴比妥，及一些抗癌药氯芥、阿糖肥昔、氨甲蝶吟、柔红霉家、阿霉素等都可能是再生障碍性贫血的病因。引起骨强抑制与用药剂量和疗程关系不大，与个体敏感性有关。
感染因素再生障碍性贫血的病因还可能与严重的细菌感染有关，如栗粒性结核、肺炎、伤寒、白喉等，因细菌毒素抑制骨韶造血；病毒感染，其中以肝炎（主要为病毒性肝炎）后再生障碍性贫血最为严重，可能为肝炎病毒直接抑制骨髓、损伤干细胞或通过自身免疫产生抗干细胞自身抗体等所致；严重的寄生虫病，如黑热病、晚期血吸虫病等。
对再生障碍性贫血的病因分析，是预防和治疗方面都很有帮助的内容。针对这些再生障碍性贫血的病因作出相应的处理措施，患者也要注意保持良好的心理状态、积极配合治疗，这样才能使病情得到控制，逐渐好转。