三个月婴儿尿黄可能是肝脏未完全发育以及母乳喂养引起的正常现象，也可能是脱水、溶血性黄疸导致的异常现象。
婴儿出生后的几周内，肝脏需要适应新环境并逐渐成熟，而肝脏是负责分解血红蛋白的器官，其中的胆红素是一种黄色色素，从红细胞中释放出来，如果肝脏未能完全发育，就不能及时处理这些胆红素，会在体内积累，导致尿液变黄。母乳喂养也是导致婴儿尿黄的原因之一。母乳中的黄色素（胡萝卜素）可以通过肠道进入体内，并在肝脏中转化为胆红素，如果喝了大量母乳，婴儿体内会有更多的黄色素和胆红素，从而导致尿液变黄。
但是，如果婴儿的尿液呈现明显的深黄色、浓烈的气味或异常变化，可能表示婴儿的水分摄入不足需要及时补充水分，如果还伴有皮肤变黄、巩膜黄染等现象，则需要警惕婴儿出现了溶血性黄疸，需要积极就医，在医生的指导下进行光疗甚至换血治疗。
除了上述原因外，婴儿尿黄还有可能是肝功能异常导致的，某些肝脏疾病可以导致胆红素代谢紊乱，使尿液呈现黄色，包括肝炎、肝硬化等，需要医生进行检查和评估。