灰指甲是一种由真菌感染引起的指甲疾病，主要表现为指甲变厚、变形、变色等。当病情较为严重时，可能会引起疼痛，灰指甲引起疼痛的具体原因如下：
1、真菌感染：灰指甲是由真菌感染引起的疾病，真菌会在指床和指甲之间生长，导致指甲变厚、变形等症状。当病情加重时，真菌还可能侵入到指床周围的皮肤组织，引起疼痛和炎症。
2、指甲压迫：当灰指甲导致指甲变厚、变形时，指甲会对周围的皮肤和软组织造成压迫，导致疼痛。
3、感染扩散：当灰指甲病情较重时，真菌可能会进一步扩散到指床周围的组织，引起疼痛和炎症。
4、灰指甲并发甲沟炎：患者局部皮肤的免疫力会下降，很容易并发甲沟炎，进而出现疼痛、肿胀等不适。
5、免疫反应：灰指甲引起的真菌感染可能会引起免疫系统的反应，导致局部炎症反应加重，进而影响指甲周围的皮肤。
对于灰指甲患者出现疼痛现象，可以根据病情选用治疗方法，如果患者病情较轻可以及时应用抗感染药物，如氨苄西林胶囊、阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片等，也可以外用莫匹罗星软膏，或使用75%乙醇溶液进行消毒，通过杀伤细菌缓解症状。若疼痛明显，也可口服止痛药物，如塞来昔布胶囊、布洛芬缓释胶囊等药物止痛治疗。如果患者对于病情严重也可以进行外科手术，将受感染的指甲和周围的组织彻底清除，以便更好地治疗疾病。