微波消融术主要通过热作用破坏肿瘤，从而使肿瘤坏死，弊端包括术后疼痛、并发症、复发等。
1、术后疼痛：微波消融术术后可能会出现轻度至中度疼痛。这种疼痛通常可以通过口服镇痛药（布洛芬、对乙酰氨基酚）和静脉输液缓解。但是对于一些患者来说，疼痛可能会持续数周，严重影响生活质量。
2、并发症：包括感染、肝功能异常、出血和胆道损伤等。感染是最常见的并发症之一，需要及时诊治以避免严重后果。肝功能异常可能导致黄疸、恶心、呕吐等症状，需要密切监测。
3、复发：微波消融术可以摧毁癌细胞，但并不能保证所有的癌细胞都被消灭。因此，复发是微波消融术的一种常见问题。即使手术后患者进行了放疗或化疗等治疗，仍然可能会出现复发的情况。
此外，微波消融术还可能会引起出血，尤其是在患者肝功能较差、血小板减少或使用抗凝剂的情况下，大量出血可能会危及生命，需要紧急处理。