自然周期移植冻胚成功率不太高，在40%左右。
自然周期移植冻胚是指在女性自然排卵周期中，监测卵泡生长情况，确定卵泡成熟后进行人工促排卵并收集卵子，将卵子与精子结合后培养成胚胎，并在自然周期的适当时机进行胚胎移植。相对于人工周期移植冻胚，自然周期移植冻胚的治疗流程更加自然，不需要使用大量的促排卵药物，也不会干扰卵巢的生理周期。
尽管自然周期移植冻胚不需要大量使用促排卵药物，但是其成功率相对于人工周期移植冻胚略有下降。
一方面，自然周期移植冻胚需要在卵泡监测、卵子收集、胚胎培养、胚胎移植等多个环节都严格控制时间，一旦错过时机，将会影响移植效果；
另一方面，自然周期移植冻胚虽然不需要使用促排卵药物，但是受卵泡数量和质量等因素的影响，卵子的质量可能相对较差，从而影响胚胎的发育能力。
对于年龄较大、卵巢功能减退或有排卵问题的患者，由于卵泡数量和质量的影响，可能无法进行人工周期的试管婴儿治疗，可以在医生指导下进行自然周期移植冻胚。