红外线与电磁波在治疗上的区别是工作原理不同、适用症状不同。
1、工作原理不同：红外线是通过发光工具直接照射出来，照射产生的热量快速渗透软组织，促进局部组织的血液循环，加快伤口愈合和局部炎症吸收，缓解患者疼痛症状。而电磁波理疗是通过后面的电阻丝加热到前面的极板上，使其放射出不同波长的电磁波照射患处，产生的生物效应可促进局部组织血液循环，加快新陈代谢，同时发挥镇痛作用。
2、适用症状不同：红外线治疗仪主要用于局部组织感染、血液循环障碍等病症，不仅能够促进神经功能恢复，还能达到镇痛效果。而电磁波治疗仪则是刺激局部细胞活性、提高代谢功能、促进局部组织的炎症快速吸收，一般用于关节炎和慢性疾病的治疗。
两者虽然治疗上有所区别，但都属于物理治疗，建议患者在医生指导下根据自身症状选择合适的治疗方法。