朱砂的副作用是会导致汞中毒，对于肾功能不全者和孕妇禁用。
一、朱砂的副作用：朱砂中含有铅、钡、镁、雄黄、磷等成分，其主要成分是硫化汞，具有一定的毒性。当汞进入体内时与蛋白质相结合，则会在高密度的情况下抑制多种酶的活性，就会使人体代谢发生障碍，直接导致中枢神经的损伤。长期服用朱砂可能会引起大脑损伤，会出现失眠多梦、记忆衰退等表现。
二、朱砂的禁忌症：朱砂具有毒性，肾功能不全的患者禁止食用。服用朱砂后毒性物质会在体内堆积，会损害肾小管、肾小球，引起间质性肾病、肾坏死等情况，严重时还会引起肾功能衰竭，直至死亡。由于孕妇体质特殊，而朱砂含有汞毒素，孕妇食用就会影响胎儿的健康，还可能会导致胎儿畸形、早产、流产等现象，因此禁用朱砂。