新生儿凌晨1点到4点哭闹可能是生理因素、缺钙、感冒等原因引起的。
1、生理因素：睡前过于兴奋、睡眠不稳、频繁做梦、环境温度变化以及大小便未及时清理等生理因素，都会影响新生儿的睡眠质量，导致半夜哭闹。可通过调整周围环境，避免在睡觉前逗弄新生儿等方式进行缓解。
2、缺钙：缺钙会导致新生儿的大脑神经兴奋度升高，引起出现烦躁、爱哭闹、出虚汗、枕秃等症状。确诊后可遵医嘱服用鱼肝油滴剂、葡萄糖酸钙口服液、复方碳酸钙颗粒等药物进行治疗。
3、感冒：患儿可因为鼻塞等症状影响睡眠质量，进而出现哭闹、易惊醒等不适。确诊后可在医生的指导下使用小儿氨酚黄那敏颗粒、小柴胡颗粒等感冒药进行治疗。
除了上述原因外，肠痉挛、寄生虫病、肠梗阻等疾病也可引起类似症状，建议家长及时带孩子就医，查明原因后进行针对性的治疗。