睡醒后肩胛骨缝里疼痛难忍可能是受寒、肌肉劳损、肩周炎、肩胛炎、颈椎病等因素所导致，需要根据个人情况来选择合理的调整措施。
1、受寒：在晚上睡觉的时候，如果没有盖好被子或者长时间吹空调，就有可能会导致寒气入侵，造成局部肿胀、疼痛。可以通过针灸或者按摩等方法进行调理。
2、肌肉劳损：睡眠时姿势不正确或长时间保持一个姿势，例如肩胛骨上提或下沉，可能会导致肌肉劳损，引起上述症状。建议通过热敷和按摩的方式缓解症状。
3、肩周炎：肩周炎是肩膀部位发生了无菌性炎症，可能会导致肌肉劳损或者肩胛疼痛的状态，也可能会造成骨头缝里边疼痛。可以通过艾灸或者是推拿等方法调理。
4、肩胛炎：通常指肩胛骨周围软组织的炎症，可能由于姿势不当、肌肉紧张等引起。针对肩胛骨缝里的疼痛，可以尝试局部热敷、物理治疗以及肩胛骨周围肌肉的拉伸和加强锻炼。
5、颈椎病：可能会引起颈部和肩部的疼痛，甚至放射至肩胛骨区域，导致睡醒后肩胛骨缝里疼痛难忍。在这种情况下，需要综合考虑颈椎的情况，可能需要进行颈椎的影像学检查，然后根据医生的建议采取相应的治疗方案，包括药物治疗、物理疗法、颈部疏松按摩等。