肺部真菌感染可以通过一般治疗、抗真菌药物治疗、手术治疗等方法。主要是根据病情的严重程度，选择合适的治疗方案。
1、一般治疗：如果患者发生脱水现象可以补充电解质，以免导致酸碱平衡的紊乱；若出现气急、胸闷、呼吸困难等表现，可以进行常规氧疗或经鼻高流量给氧；一旦发生呼吸衰竭时，可以进行无创或有创机械通气等方法治疗。
2、抗真菌药物治疗：若是由于肺假丝酵母菌感染，可以遵医嘱服用氟康唑胶囊、伏立康唑片、盐酸伊曲康唑胶囊等。如果是肺曲霉菌感染，可以在医生的指导下服用泊沙康唑口服混悬液、伊曲康唑分散片以及使用注射用米卡芬净钠等。其主要目的是抑制真菌生长和繁殖或杀灭真菌，同时能够治疗肺部真菌感染。
3、手术治疗：若患者是因为曲霉菌感染，导致支气管动脉破裂，就会引发大出血情况，甚至会威胁生命。该种情况应进行手术治疗或支气管动脉栓塞术等方法。
除外，还可以配合医生进行中医治疗，若身体一直伴随有不适症状，应及时到医院鉴别诊断。