酪酸梭菌活菌胶囊和双歧杆菌三联的区别主要有成分不同、功效不同、药物相互作用不同等，要在医生的指导下用药。
1、成分不同：酪酸梭菌活菌胶囊的主要成分是酪酸梭菌活菌，而双歧杆菌三联的成分是双歧杆菌、嗜乳杆菌、粪肠球菌活菌。
2、功效不同：酪酸梭菌活菌胶囊是一种止泻药，可以用于治疗肠道菌群失调引起的急性腹泻。双歧杆菌三联是一种消化类药物，可以用于治疗轻中度急性腹泻、慢性腹泻，也可以用于治疗肠道菌群失调引起的腹胀、腹泻。
3、药物相互作用不同：酪酸梭菌活菌胶囊与部分抗生素同用会降低药物效果。双歧杆菌三联不能和抗酸药、锡剂等同时服用。
除此之外，还有储藏方法不同等区别。