屁股两侧窝窝疼可能是由于腰部神经受压、肌肉痉挛、梨状肌综合征、骶髂关节炎、坐骨神经痛等疾病引起的，需要根据不同症状对症治疗。
1、腰部神经受压：如果患有腰椎间盘突出症、腰椎滑脱等，会压迫椎管内的脊髓神经根，从而引起腰痛、屁股周围疼痛的现象，一般卧床休息1-2周症状就能逐渐缓解。
2、肌肉痉挛：屁股受凉或臀部进行针刺注射等情况下，屁股肌肉可能会发生痉挛，导致屁股窝出现疼痛，通过针灸臀部穴位的办法来促进神经功能的恢复，也可以在医生指导下口服营养神经的药物治疗，例如甲钴胺片、复合维生素B片等。
3、梨状肌综合征：梨状肌受力过度或受到外界刺激以后会引起梨状肌水肿增生，导致坐骨神经受到压迫，从而引起屁股窝疼痛，可以遵医嘱口服非甾体类消炎药，如常用的塞来昔布胶囊、双氯芬酸纳缓释片等。
4、骶髂关节炎：这是一种影响骶髂关节的炎症性疾病，可能会导致臀部、髂脊肌附近出现疼痛，尤其是在静坐或站立较长时间后疼痛加重。治疗方法可以包括药物治疗，如非甾体类抗炎药和疾病修食药物，以及物理治疗和适当的运动。
5、坐骨神经痛：坐骨神经受压或受刺激时，可以导致臀部、屁股两侧出现疼痛。常见的原因包括腰椎间盘突出、腰椎管狭窄等。治疗方法可能包括药物治疗，如镇痛药和抗炎药，物理治疗，以及坐姿和躺姿的调整。
无论疼痛的原因是什么，都建议患者尽早就医，接受专业医生的诊断和指导，以确定正确的治疗方案。同时，保持适当的体育锻炼和坐姿，避免长时间保持同一姿势，也有助于减轻疼痛症状。