孕39周有果冻状分泌物夹杂褐色可能是激素改变引起的，也可能是临产征兆，还可能是阴道炎导致的。
1、激素改变：孕晚期为了给分娩做准备，女性体内的激素会出现变化，此时宫颈分泌的黏液也会变多，部分女性就会出现透明或是褐色的果冻状分泌物，属于正常现象，不必过于担心。
2、临产征兆：孕39周属于孕晚期，随时都有生产的可能，而在临产前，孕妇就会出现宫缩、见红或是褐色阴道分泌物，主要是宫颈管逐渐扩张、收缩，导致宫颈内的黏液排出体外，与少量阴道出血混形成的，建议孕妇做好待产准备。
3、阴道炎：孕期阴道免疫力可能会下降，加上孕晚期孕妇活动不太方便，此时可能没有注意外阴的清洁卫生，没有经常更换贴身衣物，就有可能出现阴道炎，引起外阴瘙痒以及异常分泌物。这类孕妇可每日用温水清洗外阴，并勤换内裤，必要时可在医生的指导下使用硝呋太尔、甲硝唑栓等药物进行治疗，但避免自行滥用药物，以免影响胎儿。
除了上述原因外，胎盘位置过低、胎盘早剥等原因导致。