移植囊胚着床了不发育的可能是因为药物原因、胚胎质量问题、子宫问题、生殖内分泌原因、环境因素、心理因素造成的。
1、药物原因。如果女性在孕期因为身体某些疾病，比如妇科炎症、感冒、发烧等而服用了一些药物，这些药性可能会影响囊胚的正常生长发育。
2、胚胎质量。这与胚胎的质量也有关系，优质的胚胎成功率高，质量不好的胚胎容易出现停育及流产。
3、子宫问题。子宫是胎儿生长发育的地方，先天性发育不良、子宫畸形、子宫肌瘤及子宫内膜厚度等都会导致胚胎停止发育。如果女性的子宫内膜过薄，也会导致囊胚不能着床或着床后因为营养不足而停止发育。
4、生殖内分泌原因。孕育胎儿有三个重要的激素：雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素。如果女性机体内分泌的激素不够，胚胎也就失去了生长所需的营养，就会停止发育。
5、环境因素。如果孕妇接触了有毒物质比如一些有毒的化学物质、劣质的装修材料，或者受到大量电磁辐射的照射，也会影响囊胚的发育。
6、心理因素。一般在做完移植手术后，女性都会出现心理压力过大、紧张、情绪不稳定等现象。这时女性的血管长期处在收缩状态，会影响子宫、卵巢局部的血流，会造成胚胎不能着床或影响已经着床的囊胚发育。