目前没有明确的治疗方案治疗薄基底膜肾病，无明显症状、诱因的患者无需特殊治疗，对于出现高血压、蛋白尿等情况的患者，可用药治疗。
对于单纯血尿，而无高血压和肾功能损害者，无需特殊治疗，但要避免感冒、各种感染、过度劳累以及使用肾损害的药物，定期检测血压和肾功能，避免不必要的治疗，以免药物副作用加重肾脏负担，但要注意定期进行高血压、蛋白尿和肾功能损害的检查。
一旦出现蛋白尿或血压升高，应及时告知医生，在医生的指导下服用药物进行治疗，如培哚普利、依那普利、雷米普利等，可延缓发生肾功能衰竭并延长寿命。如果出现了大量蛋白尿或肾病综合征，可用糖皮质激素治疗。