这里的移植通常是指胚胎移植，胚胎移植第三天有褐色分泌物可能是因为正常的生理现象，也有可能是出现了病理性原因，比如出现了子宫炎症或者阴道炎症等。
1、生理现象：胚胎移植成功以后，随着胚胎的生长发育，一般会导致子宫受到刺激，容易引起子宫的少量出血，可能会出现褐色分泌物，一般不需要采取特殊的处理。
2、子宫炎症：如果出现了子宫炎症性病，通常会引起子宫内膜出血，可能会出现褐色分泌物。需要通过消炎类的药物治疗，可以遵医嘱口服红霉素胶囊或者阿莫西林胶囊等。
3、阴道炎症：如果出现了阴道炎症性充血也会导致上述症状。需要使用消炎类的高锰酸钾溶液对局部做清洗，有必要的情况下需要遵医嘱内服红霉素胶囊。