黄连和黄连素的区别在于黄连是一种植物，也可用作中药，而黄连素是从黄连中提取的一种成分。
黄连又名味连、川连，是多年生草本植物，主要分布于我国四川、贵州、湖北等地，其根可以入药，是一味常见的中药材，因味道很苦，所以中国有句俗语称“哑巴吃黄连，有苦说不出”。黄连具有清热燥湿，泻火解毒的功效，常用于治疗湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、黄疸、高热、目赤、牙痛、消渴、痈肿疔疮等疾病，也可用于肝胃不和，呕吐吞酸的患者，但黄连性苦、寒，长期服用容易伤害脾胃，所以脾胃虚寒者忌用。现代药理学研究发现黄连还有抗菌、抗病毒、抗腹泻以及降糖、降脂、保护心血管的作用。
黄连素又称小檗碱，是从中药黄连中提取出的一种物质，是黄连抗菌功效的主要有效成分，且抗菌谱非常广泛，对多种革兰阳性、阴性菌都有抑制作用，尤其是针对溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌等，有很强的杀灭作用，因此黄连素制剂，如黄连素片等，临床上常用于治疗胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染性疾病。