调节肠道菌群的治疗可以使用调节肠道菌群的药品。
1.饮食调节：一日三餐要有规律
2.调节肠道菌群的药物：如果经常性的产生腹泻或者是肚子胀气的现象，可以在医生的指导下使用整肠生和双歧杆菌、乳酸菌素片来治疗，增加肠道的免疫功能，同时也可以使肠道菌群处在平衡的状态，缓解肠道功能紊乱。
3.通便的药物：肠道菌群紊乱也有可能是长时间便秘的原因，一般可以使用乳果糖或者是麻仁润肠丸，加速肠道的蠕动，预防便秘，软化大便，也可以对肠道起到调理的效果。
肠道相对来说比较脆弱，一定要注意做好护理措施，在生活当中一日三餐要有规律，同时也可以适当参加体育锻炼，多吃新鲜的蔬菜和水果，减少对身体的负担，平常还要注意保持良好的情绪，避免情绪过度紧张。