孕6周有胎心胎芽褐色分泌物可能是妇科炎症性的病变所造成的，也可能是先兆流产等因素所引起，需要通过口服药物或者是肌肉注射药物等方法来达到治疗效果。
1、妇科炎症：怀孕期间出现褐色分泌物多数是妇科炎症性的病变所造成的，比如阴道炎症和子宫内膜炎症，也有可能是附件炎症或者是盆腔炎所引起，这些炎症性病变都有可能会造成阴道分泌物增多和白带异常，还会伴有阴道瘙痒以及有异味，严重的还可能会造成阴道出血和褐色分泌物排出当中。妇科炎症多数是在怀孕期间没有做好私密处的卫生工作，或者是不及时更换内裤所造成，在受到霉菌细菌等感染之后，就有可能会造成多种炎症性病变。可以通过口服头孢克肟分散片或者是甲硝唑片来做治疗。
2、先兆流产：在怀孕6周左右的时候正处于孕早期，这时候胚胎还没有着床稳定，如果体内的孕酮不足，或者是做了剧烈的运动、重体力劳动等情况下，都有可能会造成先兆流产。通常会表现为下腹部坠胀感和疼痛感，还会伴有阴道不规则出血等症状。需要通过口服黄体酮胶囊来做治疗，也可以通过肌肉注射黄体酮药物来达到改善的效果。