睾丸不舒服治疗没有最好的药物，睾丸不舒服如果不明原因，不能够擅自的用药，需要到医院进行检查，根据检查结果明确病因，配合医生服用相应的药物进行治疗最好。常见药物有左氧氟沙星、磷霉素氨丁三醇散、盐酸多西环素等。
1、左氧氟沙星：睾丸不舒服如果是敏感细菌导致的，可以在医生的指导下服用左氧氟沙星进行治疗。左氧氟沙星属于广谱抗菌药物，适用于敏感细菌引起的呼吸系统、感染泌尿系统感染、盆腔炎、肛周囊肿等疾病。如果对药物有过敏或者有肾功能不全，要禁止服用。
2、磷霉素氨丁三醇散：如果睾丸不舒服是急性尿道膀胱综合症引起的，可以遵医嘱服用磷霉素氨丁三醇散，能够起到消炎、抗菌的作用，改善睾丸不舒服的情况。磷霉素氨丁三醇散适合用于治疗敏感细菌导致的急性膀胱炎、手术后的尿路感染、非特异性尿道炎等疾病。药物对胃肠道有刺激性，最好在饭后服用。
3.盐酸多西环素：睾丸不舒服如果是非特异性尿道炎导致的，可以配合医生服用盐酸多西环素治疗。盐酸多西环素是一种抗生素，可以治疗非特异性尿道炎、布鲁菌病、鼠疫等。