先天性睾丸发育不良后可能会出现智力低下、精神异常、第二性征发育障碍、畸形及皮纹异常等。
1.智力低下：先天性睾丸发育不良后可能会导致轻度的智力低下，因为睾丸发育不良后会导致性染色体增多，所以使智力出现低下的情况。
2.精神异常：先天性睾丸发育不良后感情都比较淡薄，因为缺乏思维和缺乏动作，多表现为性格孤僻、害羞、沉默寡言、不善于交际等，并且还可能会表现出对父母过分不正常依赖，还会逃学在外游荡，甚至做出不端的行为，并且部分睾丸不全的人群，还可能会出现神经质倾向，甚至出现精神病症状以及精神分裂症等。
3.第二性征发育障碍：先天性睾丸发育不良的患者外表虽然呈男性，但睾丸比较小，有时还可能会出现尿道下裂、隐睾、无精子、性欲低等情况，不能正常生育，有时还会呈女性化，出现体毛稀少、乳房、皮肤细嫩、身材修长、喉结不明显等。
4.畸形及皮纹异常：先天性睾丸发育不良还可能会有小头畸形以及骨骼畸形等，比如肘外翻、眼部畸形，并且有严重视力障碍的现象。