甲功三项和甲功七项的区别主要包括检查项目不同和应用情况不同两方面。
检查项目：
甲功三项：指游离甲状腺素（FT4）、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）、促甲状腺激素（TSH）。
甲功七项：指总甲状腺激素（TT4）、总三碘甲状腺原氨酸（TT3）、游离甲状腺素（FT4）、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TGAb）、促甲状腺激素（TSH）。甲功七项的检查更加详细。当患者有甲状腺肿大或甲状腺超声发现甲状腺异常时，需要做甲状腺功能 七项进行较为全面的检查。
如果只是想做甲状腺功能的早期筛查，比如新生儿先天性甲减的筛查或者常规体检，通常只需要检查甲功三项。甲功三项是临床甲状腺检查中灵敏度高、特异性强的简便联合方法，常用于体检和甲状腺疾病的初筛。甲功三项已经能够大致反映甲状腺功能的情况，并且甲状腺功能检查不便宜，在初筛阶段没有必要做更昂贵的检测。
甲功七项包括相关抗体，这对甲亢或甲减的分类有较大意义。如果患者之前有甲状腺疾病，或者家里有人有甲状腺疾病，可以查甲功七项。通常患者在第一次检查的时候，需要做甲功七项，再做甲状腺B超检查。因此患者在检查甲状腺功能的时候应该做多少项，应根据具体情况而定。