甲状腺的抗体包括甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体，以及促甲状腺激素受体抗体。甲状腺微粒体抗体和甲状腺球蛋白抗体增高，多考虑桥本甲状腺炎。促甲状腺激素受体抗体增高，是引起弥漫性甲状腺肿伴甲亢最主要的病因。
临床上甲功检查主要分为激素水平检查和抗体水平检查，主要检查项目有TSH、FT3、FT4、TT3、TT4、HTG、TPOAb、TGAb、TRAb，抗体检查的指标主要有抗甲状腺过氧化物酶自身抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TGAb），促甲状腺素受体抗体（TRAb）。
甲状腺抗体是指自身产生的针对甲状腺的免疫球蛋白，临床主要分为两大类：一类是针对甲状腺细胞表面的抗体；另一类是针对甲状腺细胞内容物的抗体。甲功检测如果发现抗体高，说明体内存在着自身免疫性的甲状腺疾病。甲状腺功能抗体的测定，有助于了解是否存在免疫系统的异常。甲状腺是个工厂，利用碘作为原料生产甲状腺激素，甲状腺受到免疫系统的保护，如果免疫功能出现了差错，比如出现了细胞免疫异常、体液免疫异常就会误伤甲状腺，测定甲状腺自身的抗体就有可能增高。