怀孕43天B超看不见孕囊可能是宫外孕引起的，也可能是排卵晚或着床较迟引起的正常现象，应继续观察。
每个人的体质不一样，再加上受孕时间上都是有差别的，在怀孕后孕囊会根据排卵时间来决定，如果排卵较晚会直接影响精子和卵子结合造成受精卵着床推迟，最好在7天到10天以后再到医院进行腹部检查来判断。
首先考虑是由于孕周太短导致的，还要警惕宫外孕的可能，如果是月经延迟的话也可能是由于受孕晚所致，没有异常的不适建议先观察看，一周后再去复查。
其次43天做B超检查看不见孕囊可能是异位妊娠，也就是宫外孕或者胚胎没有着床，已经流产引起的，应再次做B超检查，看是否是宫外妊娠，也可监测HCG值的变化情况，以确定是否宫外孕。
最后如果月经比较规律，一般停经40左右超声就可以监测到宫内是否有小的孕囊。如果宫腔内看不见孕囊，要警惕是否有宫外孕的可能如果平常月经周期不规律的话，停经43天做彩超，宫腔内没有孕囊的话，应该是受精卵还没有到宫腔。建议如果做彩超附件没有包块的话，可能是受精卵还没有到宫腔，一周以后到医院复查检查。如果中间出现阴道出血或者腹痛的话，需要及时到医院就诊。