3天胚胎和5天胚胎的区别是5天囊胚的移植成功率高于3天胚胎的移植，因为5天的囊胚比三天的胚胎在体外培养的时间要多2天，另外既然能发育成囊胚的胚胎说明本身的优良的基因及适应外界环境的能力，此外囊胚移植技术更像是在模仿自然怀孕的规律，因此囊胚移植的成功率也相对更高。
五天囊胚的移植妊娠成功率大于三天的胚胎，但是在发育囊胚的阶段也会自然筛选掉一部分发育潜力不足的胚胎，通常来说能发育到囊胚的阶段是较优质的。第5天移植还有另一个优势，那就是胚胎与子宫内膜的同步。子宫内膜植入窗口是有限的，如果能使胚胎发育和子宫内膜容受性更紧密地结合起来，就能提高胚胎着床率。
如果需要胚胎活检，在第5天进行这项检查比在第3天进行有很多优势。首先，只有真正进入囊胚阶段的胚胎才会被活检。另一方面，通过对滋养外胚层细胞进行活检，可以获得更多的细胞，而不影响胚胎的生存能力。另外在第3天最多只能取1到2个细胞，而在第5天，最多只能取4到5个细胞。因此，遗传物质越多，诊断越可靠。
总之，胚胎培养到第5天是一个复杂的过程，有助于改进胚胎移植的选择，从而减少胚胎移植的数量，避免双胎妊娠，并在整个妊娠期间取得良好的结果。