怀孕36天B超看不见孕囊是正常的。因为怀孕时间短，怀孕后子宫内膜会增厚，怀孕可以过一周到医院复查，B超检查如果子宫有孕囊发育就是子宫怀孕。
一般来说，怀孕5-6周可以最早看到孕囊，这里的怀孕时间是指从末次月经第1天算起。怀孕5-6周之前孕囊较小，无论宫内孕还是宫外孕都看不到。怀孕5-6周之后，一般孕囊开始逐渐增大，通过B超可以作出鉴别诊断。
如果B超看到宫内孕囊，诊断宫内孕，要按照常规产前检查进行。如果B超未看到宫内孕囊，要检查血HCG，如果血HCG超过2500U/L-3000U/L，考虑宫外孕。这是宫外孕的最早期诊断，还没有腹痛等宫外孕的症状。
在怀孕初期一定要进行一下B超检查，在进行超声检查时，如孕囊清晰可见，可以看到原始心管搏动和胚芽，就代表胎儿发育正常。为保证胎儿健康发育，孕期一定要定期进行产检，怀孕初期，中期可每个月进行一次产检，怀孕晚期可每周进行一次产检。
孕囊并不是一直存在，孕囊在怀孕第9周之后就会逐渐消失，在孕10周之后会彻底消失不见，此时胎盘形成，并开始为胎儿提供营养。36天B超看不见孕囊属于正常现象，希望孕妇不要存在压力，可以继续观察。