肠镜检查进行全麻，在检查结束之后1-2分钟内被检查者就可以苏醒，但是此时麻药的药力并未完全消退，可能还存在轻微嗜睡的现象，这一般对人体没有很明显的影响，对于多数被检查者而言，也不会留下后遗症，在检查完毕之后，于观察室观察一段时间即可。
肠镜检查进行全麻，一般是指无痛常见检查，一般使用的是静脉麻醉，常用的全身麻药是丙泊酚，还有一些其他的麻醉药物，比如依托咪酯、咪唑安定、氯胺酮、γ-羟基丁酸钠等等。这些麻醉药物在人体内的代谢速度比较快，可能会对呼吸产生短暂的影响，造成短暂的呼吸抑制，但是在麻醉医生的监测下应用相对是比较安全的，且一般没有长期的影响，并且多数情况下也不会对人体造成大的伤害。
肠镜检查通过肛门将肠镜插入，使肠镜进入肠道，对直肠、结肠等部位进行观察，以查看是否存在病变。由于肠镜对于被检查者而言属于异物，所以会对肠道黏膜产生一定的刺激作用，可引起患者产生不适感，而注射麻药之后肠镜检查的过程就可以没有痛苦，并且一般在肠镜检查后的1-2分钟被检查者基本可以恢复意识，对于不能耐受普通肠镜检查而又没有全身麻醉禁忌症的被检者，可以考虑选择该项检查。