肠镜是无法检查出幽门螺杆菌的，想要检查幽门螺杆菌，通常有三种检测方法，包括幽门螺杆菌快速尿素酶试验、呼气采样检测、胃镜及胃黏膜活检。
1、幽门螺杆菌快速尿素酶试验。该试验的原理是幽门螺杆菌中含有尿素酶，这种尿素酶会使尿素分解，胃镜检查后取胃黏膜组织1块，将活检组织放入试剂，观察试剂的变化，若试剂酚红由黄色变为红色，说明pH升高，试验结果为阳性，提示活检组织存在幽门螺杆菌感染。
2、呼气采样检测。这种检查的灵敏度高，检出率和符合率也很高，是近年来受欢迎的一种检测幽门螺杆菌的方法。具体可分为两种：14C呼气试验和13C呼气试验，其中14C呼气试验费用较低，但由于该项检查存在放射线危害，儿童、孕妇、哺乳妇女和年迈体弱者应慎用。13C呼气试验则无放射性，对人体无损害，而且检出率和符合率更高，各种年龄的患者都可采用该法。
3、胃镜以及胃粘膜活检。这种检查方法是一种侵入性的方式，临床不常用，并且它的病理切片精确度高，而化学反应的精确度比较低，小病灶的区域容易漏检。