甲亢怀孕了是可以药流的，但是也需要根据患者病情的严重程度、怀孕的天数进行分析，具体如下：
1、患者病情的严重程度：如果患者正处于急性发病期，病情控制得不是很好，而且出现了心慌心悸、头晕无力、自热出汗等情况，最好不要选择药物流产的方式。这种药物通常存在一系列的副作用，患者在急性发病期用药之后可能会导致甲状腺功能出现异常波动的情况，此时最好选择人工流产的方式。如果患者的病情控制得比较好，没有出现明显的不适，可以在医生的指导下选择药物流产。做完药物流产之后，也需要定期到医院检查甲状腺激素。
2、怀孕的天数：如果怀孕的天数没有超过49天，可以通过药物来终止妊娠。如果怀孕的天数远远的超过了49天，药流可能达不到理想的效果，最好选择手术。
甲亢患者由于体内的甲状腺激素分泌异常，出现了持续偏高的情况，此时怀孕会给胎儿的生长发育带来严重的影响，严重时还有可能会导致胎儿智力低下。因此，在疾病没有完全恢复之前，最好不要备孕。