HPV06阳性是否可以不治疗，不能一概而论，需要根据患者的具体情况而定，通常只有病毒感染，未出现尖锐湿疣、宫颈病变等疾病，患者也没有明显不适，就可以不进行治疗，注意个人清洁卫生，坚持锻炼，提高免疫力即可。
HPV06感染可以引起尖锐湿疣，但是HPV06感染并不等于肯定会得尖锐湿疣，目前对于HPV感染的观点是只治疗病灶，不治疗病毒，也就是说只对HPV引起的病灶进行治疗，比如尖锐湿疣、宫颈癌，但是不去治疗HPV病毒，因为治疗病毒的效果不好，而且只要自身免疫力提高，HPV也可能会自行清除，因此建议患者在日常生活中应注意保持心情愉悦、坚持体育锻炼，提高身体抵抗力，这样比抗病毒治疗更有意义。
但如果患者出现了尖锐湿疣、宫颈病变等疾病，就需要积极治疗，常用方法包括激光治疗、冷冻治疗、药物治疗，常用药物为咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等。