12周NT后一直流咖啡色液体比较常见的原因有宫颈疾病、胎盘低置状态、先兆流产等。在治疗之前首先要明确原因，可以通过药物治疗和一般治疗来改善。
1、药物治疗：如果是由于宫颈疾病造成的，比如宫颈炎，主要是遵医嘱使用抗生素进行治疗。由于胎盘低置状态引起的，不必过于担心，在正常的情况下会随着孕周的增长逐渐得到改善，但是要随时观察，定期到医院复查。如果是先兆流产引起的，可以在医生指导下应用保胎药进行治疗，比如黄体酮、地屈孕酮等，在此期间还要定期到正规的医院做B超、孕酮等检查，随时了解胎儿的情况，在保胎不能成功的情况下，需要考虑终止妊娠。
2、一般治疗：孕妇在日常生活中要卧床休息，加强营养，最好要减少活动，同时还要禁止性生活，保持情绪稳定，避免过于激动，也不要过于焦虑，忌吸烟、喝酒。
总之，在怀孕12周做完NT检查后一直流咖啡色液体，建议及时到当地正规的医院就诊，完善相关检查，明确病因，在医生的指导下进行积极的治疗，通常是可以得到改善的。