孕晚期才发现胎儿畸形有可能是遗传因素、环境因素、疾病因素还有药物因素的原因导致的。
1、遗传因素：在孕晚期发现胎儿畸形，很有可能是夫妻双方或者某一方有遗传性疾病，隐性遗传病或者代谢性疾病等，都有可能引起分娩的胎儿畸形，因此在备孕期间，夫妻双方都需要做好孕前的检查工作，一旦发现有不良的生育因素，需要及时解决后才可备孕。
2、环境因素：假如在妊娠期间接触了过多的有害物质，比如重金属或者化妆品，另外还有蔬菜中的农药成分以及医院中的辐射等，都有可能造成胎儿畸形。
3、疾病因素：如果产妇患有比较严重的，甲状腺方面的疾病，比如甲状腺功能亢进或者甲状腺功能低下，胎儿就存在畸形和流产的可能性，除此之外，如果在妊娠期间存在糖尿病，胎儿发生畸形的几率也比较高。
4、药物因素：如果在怀孕期间患上感冒或者是其他疾病时，如果不在医医生指导下用药，再加盲目的用药，也有可能会导致胎儿的神经系统或者骨骼以及肾脏的部位发生畸形的可能性。