巧克力囊肿怀孕了对胎儿一般是没有什么影响的，具体的还要根据巧克力囊肿的严重程度来判断。
1.如果巧克力囊肿的程度比较轻微，一般不需要进行治疗。因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位而形成的，而怀孕之后不会来月经，可能巧克力囊肿的病灶就会出现萎缩，基本上不会出现增大的现象，所以对孕妇以及胎儿是没有什么影响的。
2.如果巧克力囊肿比较严重，随着怀孕月份的增加，子宫的增大会对巧克力囊肿产生压迫，有可能会导致巧克力囊肿破裂或者出现蒂扭转，出现剧烈的腹痛。这时就需要及时的到医院进行手术切除囊肿，缓解腹痛的症状。在进行手术的同时还应该遵医嘱口服保胎药物进行保胎。
患有巧克力囊肿的孕妇在孕期的时候应定期的到医院进行产检，随时观察囊肿的变化，一旦发现有异常的情况，要及时的配合医生进行治疗。如果采用手术切除囊肿，在术后的期间应保持切口部位的干燥清洁，避免沾水以及外界的刺激，以免发生感染，对孕妇自身以及胎儿的生长发育造成影响。