嗜酸性粒细胞偏低的原因主要是因为感染，包括细菌感染和寄生虫感染，也有些情况是在进行过大手术、严重的烧伤等身体受到巨大创收后出现的一种应激状态。
1.感染
嗜酸性粒细胞偏低，大部分是由于感染所致，尤其是重症的感染后，嗜酸性粒细胞甚至可以出现零。临床上对于一般的感染，通常关注的是嗜酸细胞计数问题。但是，如果是特殊性的感染，比如伤寒感染，即使病情较轻时，嗜酸细胞计数也会出现零值的情况，所以单纯只是依据嗜酸细胞计数，对于疾病的诊断方面没有什么特殊的意义；如果是出现了持续的低值，甚至出现多次的零值，就有可能说明病情严重。
2.应激状态
嗜酸性粒细胞减少通常无临床意义，有时可见于伤寒初期，大手术、烧伤等应激状态，或者长期应用肾上腺皮质激素后，其临床意义较小。
除了病理性因素外，正常成年人在上午检查的嗜酸粒细胞一般也会低于晚上，而在劳累、寒冷等特殊环境下，人体可能也会出现嗜酸性粒细胞偏低的情况。这些都是属于生理性的反应，不需要进行特别的处理。