胎儿畸形和精子一般没有关系。
精子畸形一般只是形状异常，影响受精能力，而精子内的质量，是影响流产和胚胎质量的主要原因，如果单纯的精子畸形率高，一般不会引起流产和胎儿畸形的几率升高。胎儿畸形很有可能跟孕妇感染，或者环境因素以及不良的饮食还有遗传因素导致的。
1、孕妇感染:如果在怀孕期间孕妇受到感染，例如发热，然后服用了一些有毒和有害的药物后，比如激素或者抗生素以及神经类，还有生殖毒性的药物，很可能会导致胎儿畸形。
2、环境因素：如果在怀孕期间受到农药以及射线还有酗酒，很有可能会危害到胎儿的器官正常发育，引起胎儿畸形或者发生流产的症状。
3、不良的饮食：如果在怀孕期间，吃了一些被污染的鱼或者贝等食物，也是引起胎儿畸形的因素之一，另外还有腌制类食物，烧烤类食物，以及添加剂和色素丰富的食物等，都会导致胎儿畸形。
4、遗传因素：遗传因素主要是指比如父母染色体异常，或者父亲以及母亲携带突变基因等，另外近亲结婚生出的胎儿畸形率也比较高。