二代试管小孩的缺陷主要针对精子畸形、男性严重少弱精等情况，主要是采用精子卵泡注射技术，挑选出优质的精子然后在注入卵子中培养受精，在一般情况下，第二代试管婴儿的技术要求比较高，同时成功的几率也比较高，但是任何手术都会存在一定的风险，而试管婴儿也同样存在缺陷。
1、精子畸形：一般是对精子进行挑选，通过肉眼进行观察，然后根据精子的外观来判断，所以一些内部存在缺陷的精子，很有可能会误认为比较优秀的精子而进行受精，所以在一定程度上存在缺陷的几率高于第一代试管婴儿。
2、男性严重少弱精：这项技术都是挑选单个比较优质的精子，然后再注射到卵子内，一般属于强制受精，所以在精子注入卵子的过程当中，很有可能会对内部造成轻微的损伤，一般通过肉眼无法看出。虽然受精率比较高，但是囊胚率、优胚率还有妊娠率，很有可能比第一代的概率偏低。
第二代试管有一定的先进性，但是同时也存在一定的缺点，如果男方精液的质量比较良好，一般没有必要非要做第二代。具体选择哪种试管婴儿方法，需要根据自身的具体病情来判断，并且在专业医生的建议下决定。