鼻拭子采集，也就是鼻咽拭子采集，一般是不会引起头痛的，如果在进行鼻咽拭子采集以后出现头痛，要考虑是不是别的原因引起的，包括精神过度紧张、感冒、鼻炎、鼻窦炎等等。
鼻咽拭子的采集主要是用一个比较长的棉棒，从前鼻孔慢慢经过鼻腔，深入到鼻子后端的鼻咽部，然后擦取鼻咽部分泌物，采取标本。做鼻咽拭子采集的主要目的是从咽部取分泌物，做相关病原学培养或者是病毒的分离，可以帮助判断是哪种病原菌感染导致的疾病，是一种无创性操作。由于该操作简单，患者配合度高的情况下几秒钟就可以完成，一般是不会导致头痛的。如果在做完鼻咽拭子采集以后出现头痛，且症状比较明显或者持续不缓解，需要及时就医，完善相关检查，看是否存在别的因素，在明确病因以后，需要积极进行干预。
在进行鼻咽拭子采集前需要注意，如果患者本身鼻腔内存在结构异常，如鼻中隔偏曲或鼻甲肥大等，要提前告诉采集鼻咽拭子的医务人员，以免因为棉棒不容易通过鼻腔到达鼻咽部，或者损伤鼻黏膜，而引起局部的出血或发生疼痛等。