造成试管婴儿二超胎停的发病原因主要包括内分泌失调、夫妻染色体异常、母体疾病、环境污染等。
1、内分泌失调。胚胎发育初期体内的激素水平对胚胎的发育起到关键的作用，主要包括孕激素、人绒毛膜促性腺、激素雌激素等，如果孕妇体内出现内分泌失调的现象，就会导致体内激素水平发生改变，就无法满足胚胎正常发育所需要的环境，进而导致胚胎停育或者流产的现象。
2、夫妻染色体异常。早期染色体没有发现异常的情况，但是后期如果染色体发生变异就会导致胚胎无法正常发育，会出现流产死胎或者畸形胎儿的情况。
3、母体疾病。如果母体出现子宫内膜抗体阳性，抗生素内膜抗体阳性等就会导致胎儿宫内停育的发生。建议在备孕之前要到医院做全面详细的检查，必要的时候可以在医生的建议指导下口服糖皮质激素进行治疗。
4、环境污染。人体身体健康会受到外部环境的影响，外部环境对人体健康的影响力比较大，怀孕之后对外界环境反应更加敏感，所以环境污染可能会导致孕妇出现胎停的现象，比如说重金属污染、噪音污染、辐射污染等。