治疗尖锐湿疣没有所谓的最好的药。
尖锐湿疣患者对于治疗药物的选择主要根据病情、病程、年龄、性别、复发情况以及考虑药物副作用等方面来考虑。临床上常用的治疗药物有：
第一、抗病毒药物。治疗尖锐湿疣的抗病毒药物主要是干扰素，干扰素可肌肉注射、皮损内注射及外用。另外外用药物还有5％酞丁胺霜剂、0.25％疱疹净软膏等。
第二、系统调节免疫药。治疗尖锐湿疣过程中，调节机体免疫力也非常重要，这些药有胸腺肽、转移因子、左旋咪唑等。
第三、外用祛除疣体制剂。常用的外涂可祛除疣体的药物主要有：（1）鬼臼毒素，鬼臼毒素属于腐蚀剂，可以使疣体腐蚀坏死，达到消除的目的；（2）咪喹莫特，咪喹莫特是通过激发局部的免疫功能来祛除疣体；（3）5-氟尿嘧啶，5-氟尿嘧啶属于抗癌药，外涂可以祛除疣体。但这些外用制剂一般只能用于比较小的疣体，且会产生局部刺激。
第四、盐酸氨酮戊酸。盐酸氨酮戊酸是光动力治疗的主要药物，局部湿敷至患处皮肤后经红光照射可杀伤病毒细胞，达到治疗效果。