扁桃体囊肿一般是不会癌变的。
扁桃体囊肿是扁桃体的一种良性病变，常位于扁桃体腺口出口处，是由于长期慢性炎症导致腺口堵塞，分泌物在腺口周围存积，从而形成囊肿。囊肿较小时可无任何症状或者有轻微咽部的异物感，随着囊肿增大咽部异物感明显，可刺激咽部黏膜而导致咳嗽，吞咽食物时可有梗阻感。
对于扁桃体囊肿，如果囊肿本身很小，患者平时也没有明显的症状，可以考虑到医院定期复查即可，以便动态观察囊肿有没有长大或者是其他的变化。如果患者平时异物感特别明显，可以考虑将扁桃体的囊肿切除，在切除的时候如果囊肿与扁桃体连接特别紧密，没有明显的分界，可以考虑将扁桃体和囊肿一同切除。如果囊肿与扁桃体界限很清楚，可以将扁桃体上的囊肿单纯切除。但需要注意的是囊肿切除手术之后有一定的复发率，患者还要养成定期复查的好习惯。在日常生活中要注意多喝水，避免进食过多辛辣刺激性的食物。平时还应注意预防扁桃体炎发作，包括避免着凉、适当锻炼身体增强抵抗力等。