中成药作为慢性结肠炎的治疗辅助手段，常常用于缓解症状、减轻炎症、改善肠道功能等。临床常用的包括四君子汤、阿胶糯米丸、健脾止泻药等。
黄连、黄芩、黄柏、连翘等中草药具有清热解毒、抗炎、抗菌作用，可用于缓解结肠炎症状。其配伍为四君子汤、阿胶糯米丸等复方中药制剂，可用于调整肠道功能，促进炎症的愈合。此外，健脾止泻药如山楂、茯苓、橘红等中药可以通过调理肠道的运动和水分代谢来减轻腹泻症状。
但除了中成药外，西药也很重要。例如，5-氨基水杨酸（5-ASA）类药物如硫糖铝、乙酰氨基酚等，可以通过减少炎症细胞的活性、降低肠道黏膜的炎症反应来减轻症状。另外，糖皮质激素类药物如泼尼松、布地奈德等，可用于缓解炎症，并在急性发作时起到较快的止痛和抗炎作用。