肺曲霉菌感染，选用伏立康唑或伊曲康唑治疗程，多在两个月或以上，如果形成曲菌球，口服药物治疗效果差，可能需要手术治疗；肺孢子菌感染，患者一般病情重，治疗费用高，而且预后多不良。肺部隐球菌感染，一般治疗疗程比较长，多在半年或以上；因此有一定的病死率。
肺部真菌感染
肺部真菌感染的症状，通常是以不同程度的咳嗽、咳痰为其主要临床症状，患者其咳嗽程度较为剧烈，部分患者痰液可以呈灰褐色，痰液粘稠。另外，肺真菌疾病的患者通常可以出现痰中带血或咯血的情况，部分患者可以出现胸痛，有时因真菌诱发其气管的痉挛产生过敏反应，患者可以出现气喘、胸闷和呼吸困难的症状。肺部真菌感染同时还可以出现不同程度的畏寒、发热、纳差、全身乏力等症状。有时由念珠菌引起的，患者痰液常有拉丝的现象。
治疗肺部真菌感染的药
治疗真菌感染的药有很多，主要有以下几类：一、灰黄霉素，干扰真菌DNA合成与微管蛋白结合，阻止真菌细胞分裂，对表皮癣菌有抑制作用，主要用于头癣的治疗。二、多烯类药物，能与真菌包膜上的麦角固醇结合，使包膜形成微孔，改变细胞膜的通透性，引起细胞内物质外渗导致真菌死亡，主要有两性霉素b和自霉菌素。三、五氟胞嘧啶，是人工合成的抗真菌药，可以干扰真菌核酸合成。四、唑类抗真菌药物，主要有酮康唑、伊曲康唑、氟康唑等等，主要通过抑制细胞色素p450依赖酶干扰真菌细胞的麦角固醇合成，导致麦角固酮缺乏，真菌细胞生长受到抑制。五、丙烯胺类，主要是特比萘芬抑制真菌膜上麦角固醇合成中所需的角鲨烯环氧化酶，达到杀灭和抑制真菌的作用。