临床上并没有清除HPV病毒的特效药，通常用于治疗HPV病毒感染常见药物包括免疫调节剂、抗病毒药物、重组人干扰素α2b阴道泡腾胶囊。
1、免疫调节剂：比如他克莫司乳膏、咪喹莫特乳膏。具有抑制病毒、抵抗病毒引起的细胞增生等功效，常用于治疗HPV低危型感染症状。
2、抗病毒药物：比如利巴韦林、阿昔洛韦等，这类药物可以在一定程度下杀死HPV病毒，对于出现HPV病毒感染症状的患者，可以在医生指导下使用此类药物，有一定的治疗效果。
3、重组人干扰素α2b阴道泡腾胶囊：属于一种阴道内用药的药物，具有一定抗病毒作用，因此，患者也可以遵医嘱使用此类药物进行治疗，对清除HPV病毒有一定作用。